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小孩子才做选择，我全都要 | uCoTargetX技术: 一次实验同时检测5种组蛋白修饰和RNA-seq

不知道大家有没有思考过一个问题：有没有一种技术，能够同时检测多种表观修饰和基因表达水平？今天，他来了！组蛋白修饰和转录因子通过塑造表观基因组决定基因转录和细胞命运的特异性。尽管单细胞转座酶可及染色质检测中的染色质可及性与高通量测序(ATAC-seq) 数据提供了推断异质细胞群内潜在 TF结合的独特机会 [1]，但迄今为止，还无法实现在同一单细胞中直接检测TF 结合和多种组蛋白修饰。目前，已被开发并广泛采用的单细胞表观修饰技术大多是基于pA/G-Tn5转座酶检测组蛋白修饰和TF结合位点。基于此策略，何爱彬组（ coBATch）及其他课
科研进展 | 北大何爱彬团队开发uCoTargetX技术实现单细胞多组蛋白修饰与转录并行检测

技术革新是现代生命科学研究的重要引擎，每一次生物技术的迭代与更新，都会给生命科学领域带来颠覆性变化。近年来单细胞测序技术飞速发展，全球科学家进入了揭示生命奥妙的快车道。单细胞表观多组学技术是研究细胞特异性的染色质状态与基因表达调控机制的重要工具。在单细胞水平、无偏地对多维度表观图景进行高精度解析，成为领域内关注的焦点。为了研究复杂生命系统细胞命运的表观调控机制，单细胞多维组蛋白修饰检测技术近两年开始萌芽【1—5】，但现有技术依然存在较大局限性：（1）实验步骤复杂且依赖特殊试剂、仪器，使其很难在一般生
单细胞表观组领域新晋大牛何爱彬的升级之路

2025年2月26日，北京大学何爱彬团队于Nature在线发表了题为“Genome-coverage singlecell histone modifications for embryo lineage tracing”的文章，标志着单细胞表观遗传学领域的又一重大突破。该研究开发了一种全基因组单细胞组蛋白修饰测绘技术 TACIT（Target Chromatin Indexing and Tagmentation），首次在单细胞水平实现了胚胎发育过程中核心组蛋白修饰的全景解析，为细胞谱系追踪提供了新的视角。这一成果不仅深化了对早期胚胎发育表观遗传调控的理解，也为精准医学提供了新的技术支撑。近年来，何爱彬教授及其团队以生物医学新
北京大学何爱彬团队Mol Cell 发表新型单细胞ChIP-seq技术！通量高、普适性强

蛋白质与DNA互作是基因转录调控的关键，也是启动基因转录的前提，在绘制细胞图谱和研究疾病相关细胞异质性中有重要作用。为了研究蛋白质-DNA互作，科学家发明了很多方法，包括凝胶阻滞、甲基化干扰、体内足迹、ChIP-Seq等。其中ChIP-seq（染色质免疫共沉淀测序）技术是研究表观遗传调控的一种重要手段。随着测序技术的发展，DNA甲基化测序、染色质构象捕获技术、染色质开放程度测序已经达到了单细胞水平。通常ChIP-seq技术的测序起始量为数百万个细胞，难以在稀有以及不易获得的样本研究中使用。为解决这一难题，科学家开发了低起始量的Ch
Sci Adv | 北京大学、何爱彬团队开发超高通量单细胞表观多组学技术uCoTarget新技术

2024年1月3日，北京大学未来技术学院、北京大学-清华大学生命科学联合中心何爱彬团队于Science Advances 发表了题为 Single-cell joint profiling of multiple epigenetic proteins and gene transcription的研究论文，报道了一种新型简单易用、超高通量、高质量、高灵敏度的名为uCoTarget（ultra-high throughput Combined TAgmenting enRichment for multiple epiGEneTic proteins in the same cells）的单细胞多维表观检测新技术，这种方法能够在单个细胞同时捕获高达5种不同的蛋白质-染色质互作信息。研究者在此基础上进一步优化革
【Nature子刊】北京大学何爱彬团队创新单细胞检测法，揭示小分子药物靶标结合和表观遗传谱

2024年7月18日，北京大学未来技术学院何爱彬团队在期刊《Nature Methods》上发表了题为“Single-cell EpiChem jointly measures drug–chromatin binding and multimodal epigenome”的研究论文。团队揭示了CRC类器官小分子药物治疗后，跨细胞类型的药物基因组结合动力学和适应性表观基因组。该方法为利用细胞类型特异性药物作用机制，提供了一种独特的工具。研究背景小分子在调节细胞过程、影响基因表达、染色质结构和信号通路方面发挥作用。这些相互作用是各种治疗干预措施的基础，包括传统药物和先进的靶向疗法。尽管许多小化学分子药
Nature Methods | 何爱彬研究组开发CoTECH实现单细胞多维表观重构

细胞命运/状态受多维度染色质修饰与转录因子结合景图调控。整合这些多维度输入信号，决定了基因表达的时空特异性和细胞命运。全局性研究多维表观信号之间的内在调控联系是解析细胞命运决定普适性机制的关键。虽然目前已有多种能单细胞水平上高精度解析单一表观修饰的实验方法，但是用现有技术获得的数据很难准确地整合成高维度的全表观组图景。因此，开发新的高质量、高通量且具普适性的单细胞多组学技术对于深入研究上述科学问题至关重要。2021年5月6日，生命科学联合中心、北京大学分子医学研究所研究员何爱彬研究组在《Nature Methods》
Nature | 何爱彬团队利用全景单细胞组蛋白修饰实现胚胎发育谱系追踪

“太极生两仪，两仪生四象”，恰似胚胎发育细胞命运决定：从单一受精卵起始，经历二细胞期、四细胞期的有序分裂，最终形成谱系分明的生命蓝图。在这个精妙的生物学太极分化过程中，表观遗传重编程之手，精密控制合子基因组激活（ZGA）、全能性维持与失去、细胞命运异质化、第一次细胞命运决定和细胞谱系形成等进程。之前已有研究利用少量细胞ChIP-seq技术揭示了哺乳动物着床前胚胎细胞发生剧烈染色质状态--组蛋白修饰重编程【1-6】。能否突破传统遗传谱系示踪和单细胞转录组等手段不足之处，建立时间分辨的单细胞全基因组精度、多模态组蛋